La escuela Koto Ryu fue organizada a mediados del siglo XVI por Sakagami Taro Kunishige, pero fue fundada formalmente como escuela por el soke Toda Sakyo Ishinsai.
Dentro de este Ryu se han dado ninjas famosos, como lo fuera Sandayu Momochi, 5º soke. Sandayu luchó contra las tropas de Oda Nobunaga durante la invasión que éste realizó en la provincia de Yamato, y más tarde huyó con éxito gracias a su gran dominio del arte del disfraz. Cabe citar que Sandayu Momochi también fue soke de la Gyokko Ryu.
La koto Ryu se especializa en el ataque a los huesos y partes duras del oponente (koppo jutsu), tratando de romperlas. A diferencia de otras escuelas, la Koto Ryu se creo de experiencias en el campo de batalla. Esto se refleja en el koppo jutsu, ya que los ninjas del Ryu trataban de generar mayor energía cinética mediante movimientos contundentes con el cuerpo, que se concentraban de golpe sobre un punto, tratando así de provocar la rotura. Se procuraba mantener una angulación con el adversario, generalmente situándose en ángulo de 45º. Asimismo se usaban los ataques a los puntos vitales, pero como complemento al ataque principal. A esta escuela se le reconoce la cita “que derriba al tigre con los dedos“, en referencia a sus técnicas.
Otra característica de esta escuela es el uso del yoko aruki en numerosas técnicas. Asimismo se trataba de pisar al adversario para controlarle o desconcentrarle. También se usaba en ocasiones la katana con la mano izquierda con el igual fin de crear desconcierto en el adversario. Y también se caracterizaba por el uso de armas ocultas.
